微生物指标是衡量食品安全常见、重要的因素之一。食品中如果含有超出一定数量的微生物，不仅会使食物变质、腐败、失去营养价值，还会危害人类的健康和安全。当然，当代微生物所涉及的领域不仅存在食品领域，也存在如下领域：
食品：肉制品、水产制品、蛋制品、粮食制品、乳制品、饮料等。
水质：生活饮用水、矿泉水、纯净水、天然净水、瓶桶装饮用水及工业用水等。
医药产品：药品、药品原料、保健品、中药材、中药饮片、医疗产品等。
日用产品：化妆品、清洁护理用品、洗涤用品、一次性卫生用品、一次性医疗用品等。
【部分标准分类】
GB4789.15-2016食品微生物学检验霉菌和酵母计数
GB4789.8-2016食品微生物学检验小肠结肠炎耶尔森氏菌检验
GB4789.41-2016食品微生物学检验肠杆菌科检验
GB4789.9-2014食品微生物学检验空肠弯曲菌检验
GB4789.11-2014食品微生物学检验β型溶血性链球菌检验
GB4789.14-2014食品微生物学检验蜡样芽胞杆菌检验
GB4789.7-2013食品微生物学检验副溶血性弧菌检验
GB4789.26-2013食品微生物学检验商业无菌检验
GB4789.28-2013食品微生物学检验培养基和试剂的质量要求
GB4789.31-2013食品微生物学检验沙门氏菌、志贺氏菌和致泻大肠埃希氏菌的肠杆菌科噬菌体诊断检验
GB4789.39-2013食品微生物学检验粪大肠菌群计数
GB4789.38-2012食品微生物学检验大肠埃希氏菌计数
GB4789.34-2012食品微生物学检验双歧杆菌的鉴定
GB4789.13-2012食品微生物学检验产气荚膜梭菌检验
GB4789.5-2012食品微生物学检验志贺氏菌检验
GB4789.40-2010食品微生物学检验阪崎肠杆菌检验
GB4789.35-2010食品微生物学检验乳酸菌检验
GB4789.30-2010食品微生物学检验单核细胞增生李斯特氏菌检验
GB4789.18-2010食品微生物学检验乳与乳制品检验
GB4789.15-2010食品微生物学检验霉菌和酵母计数
GB4789.10-2010食品微生物学检验金黄色葡萄球菌检验
GB4789.4-2010食品微生物学检验沙门氏菌检验
GB4789.3-2010食品微生物学检验大肠菌群计数
GB4789.2-2010食品微生物学检验菌落总数测定
GB4789.1-2010食品微生物学检验总则
GB/T4789.39-2008食品卫生微生物学检验粪大肠菌群计数
GB/T4789.38-2008食品卫生微生物学检验大肠杆菌计数
GB/T4789.34-2008食品卫生微生物学检验双歧杆菌检验
GB/T4789.30-2008食品卫生微生物学检验单核细胞增生李斯特氏菌检验
GB/T4789.27-2008食品卫生微生物学检验鲜乳中抗生素残留检验
GB/T4789.10-2008食品卫生微生物学检验金黄色葡萄球菌检验
GB/T4789.9-2008食品卫生微生物学检验空肠弯曲菌检验
GB/T4789.8-2008食品卫生微生物学检验小肠结肠炎耶尔森氏菌检验
GB/T4789.2-2008食品卫生微生物学检验菌落总数测定
GB/T4789.1-2008食品卫生微生物学检验总则
GB/T4789.36-2008食品卫生微生物学检验大肠埃希氏菌O157：H7/NM检验
GB/T4789.4-2008食品卫生微生物学检验沙门氏菌检验
GB/T4789.7-2008食品卫生微生物学检验副溶血性弧菌检验
GB/T4789系列（2003-2008版）食品卫生微生物学检验标准汇编
GB/T4789.3-2003食品卫生微生物学检验大肠菌群测定
GB/T4789.32-2002食品卫生微生物学检验大肠菌群的快速检测
GB/T4789.33-2003食品卫生微生物学检验粮谷、果蔬类食品检验
GB/T4789.31-2003食品卫生微生物学检验沙门氏菌、志贺氏菌和致泻大肠埃希氏菌的肠杆菌科噬体检验方法
GB/T4789.30-2003食品卫生微生物学检验单核细胞增生李斯特氏菌检验
GB/T4789.29-2003食品卫生微生物学检验椰毒假单胞菌酵米面亚种检验
GB/T4789.28-2003食品卫生微生物学检验染色法、培养基和试剂
GB/T4789.27-2003食品卫生微生物学检验鲜乳中抗生素残留量检验
GB/T4789.16-2003食品卫生微生物学检验常见产毒霉菌的鉴定
GB/T4789.26-2003食品卫生微生物学检验罐头食品商业无菌的检验
GB/T4789.25-2003食品卫生微生物学检验酒类检验
GB/T4789.24-2003食品卫生微生物学检验糖果、糕点、蜜饯检验
GB/T4789.23-2003食品卫生微生物学检验冷食菜、豆制品检验
GB/T4789.22-2003食品卫生微生物学检验调味品检验
GB/T4789.21-2003食品卫生微生物学检验冷冻饮品、饮料检验
GB/T4789.20-2003食品卫生微生物学检验水产食品检验
GB/T4789.19-2003食品卫生微生物学检验蛋与蛋制品检验
GB/T4789.18-2003食品卫生微生物学检验乳与乳制品检验
GB/T4789.17-2003食品卫生微生物学检验肉与肉制品检验
GB/T4789.15-2003食品卫生微生物学检验霉菌和酵母计数
GB/T4789.14-2003食品卫生微生物学检验蜡样芽胞杆菌检验
GB/T4789.13-2003食品卫生微生物学检验产气荚膜梭菌检验
GB/T4789.12-2003食品卫生微生物学检验肉毒梭菌及肉毒毒素检验
GB/T4789.11-2003食品卫生微生物学检验溶血性链球菌检验
GB/T4789.10-2003食品卫生微生物学检验金黄色葡萄球菌检验
GB/T4789.4-2003食品卫生微生物学检验沙门氏菌检验
GB/T4789.2-2003食品卫生微生物学检验菌落总数测定
GB/T4789.1-2003食品卫生微生物学检验总则
GB/T4789.9-2003食品卫生微生物学检验空肠弯曲菌检验
GB/T4789.7-2003食品卫生微生物学检验副溶血性弧菌检验
GB/T4789.6-2003食品卫生微生物学检验致泻大肠埃希氏菌检验
GB/T4789.5-2003食品卫生微生物学检验志贺氏菌检验