修订后的水土保持法对水土保持验收做了进一步规定，但配套的规范性文件的修订工作还没有及时跟进，水土保持方案发生重大变化和措施布设发生重大变更的界定、建设单位的自查验收责任、水土保持监测数据的应用、验收技术评估作用的定位、水土保持设施验收标准等问题逐渐凸显出来，一定程度上影响了生产建设项目水土保持设施验收工作的进一步开展。
（2）验收约束效力有待进一步强化。
一是一些生产建设项目水土保持设施验收工作严重滞后。由于一些工程在完成建设任务后有一个较长时期的试运行过程，生产建设单位缺乏对水土保持设施验收重要性、紧迫性的认识，导致布设的水土保持措施不能满足水土流失防治的要求。
二是一些生产建设项目在工程完工后没有及时开展水土保持设施验收就擅自投入生产运行，严重违反了法律规定。
（3）验收管理还需要进一步规范。
一是部分建设单位的自查验收流于形式。一些建设单位对自查验收的重要性认识不足，没有认真地组织开展水土保持设施的自查验收工作，自验材料一般都委托其他单位代理，自验结果缺乏科学依据，给技术评估和行政验收造成困难。
二是一些技术评估不能客观公正地做出正确评价。一些技术评估单位没有认真开展评估工作，没有认真梳理生产建设项目水土保持工作存在的问题和不足，不能正确地提出改进和完善水土保持工程、促进项目水土保持工作达到验收标准的建议，甚至一些技术评估单位瞒报发现的问题，虚构评估依据，捏造评估结果，没有尽到技术评估单位应该承担的责任。
三是验收组专家的作用没有得到有效发挥。为进一步把好水土保持设施验收的技术关口，水利部探索试行了验收组专家制度。从目前试行的情况看，部分验收组及专家成员对专家应承担的工作认识模糊，没有充分发挥专家在技术标准和规范上的把关作用。
（4） 验收任务的界定有待进一步厘清。
一些验收主持单位和验收组成员习惯于水土保持方案评审的思维，错误地把技术评估单位混同于被验收单位，把技术评估报告混同于验收的主要内容，把初步设计混同于验收标准，没有结合水土保持法对生产建设项目的要求和批复的水土保持方案规定的建设任务进行审查核实，导致部分没有全方面完成水土保持设施建设或水土保持设施没有达到国家规定的防治标准的项目通过了水土保持设施验收。
（5） 验收标准还需要进一步明确。
一是将验收标准单一化。在验收过程中，有的将初步设计作为仅有的验收标准，有的只看是否实施了水土保持措施而不核查其是否合格、是否具有规定的防治功能，有的只重视评估报告是否符合有关要求、是否有监测和监理报告，忽略了水土保持法和水土保持方案批复文件对项目水土保持工作的总体要求。
二是随意降低验收标准，特别是不能将法律规定和水土保持方案批复文件视为刚性约束，在工程建设过程中遇到困难时，未能认真研究困难的大小、解决困难的可能性和可能产生的后果，轻率地降低验收标准，导致可能出现严重水土流失甚至造成灾害。
