我们对微生物菌肥的误解和偏见，有一种看法认为它肥效很高，把它当成能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；还有另一种看法则认为它根本不是肥料。其实在我们看来我们认为它是肥料，又与传统化肥和有机肥在概念和内涵上不同。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。
有时候也会将生物有机肥作为拌种只用，先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下曝晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子大小有关，等小粒种子，南阳微生物菌肥，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就要多一些，拌有菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中微生物.
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