话说天帝九千九百九十九年的，玉皇大帝正在凌霄宝殿，忽见一道霞光自下而上直冲天界，经久不散，芳香异常。帝问其故，有臣奏道，人间刘天君家中有株琼华宝树，每逢花开，便有霞光万道。帝闻而叹息道，我身为天帝，尚未见识过如此宝光，有机会定去观赏。太白金星道，陛下既有思凡下界之心，当宜行之。所谓君王口中无戏言，帝话既出，悔之不迭。Zui终众仙商讨出折中之法：让玉帝三魂之一魂、七魄之二魄下凡转世，以学道修行，重返天界。帝无奈，只得应允行事。
在凡间历经三世修行磨练之后，玉帝的一魂二魄又在武当山修道四十二年，终于在四月八日这天修炼成仙，随后于九月九日升天，玉帝册封其为副玉帝、玄天上帝、玉虚师相、无量寿佛，主管北方之神。
却说明太祖朱元璋登皇位之后，封藩王二十五个。洪武三十一年，朱元璋去世，其太孙朱允炆继皇位，是为惠帝。惠帝觉藩王权势过重，担忧危及其皇位，于是不久开始削藩。
眼见诸藩王或被削或被废，朱元璋第四子燕王朱棣忧心忡忡，寝食难安。正当进退维谷之际，有谋士建议求神相助定夺，于是祭拜玄天上帝，得签第三十三笺，名为“龙剑出匣”，此乃大吉之签。朱棣细观，只见“圣意”云：新磨龙剑快锋芒，动起冲牛执敢当；又向携持今在手，英雄猛烈非寻常。再观“谋望”云：未逢雷焕送归源，百炼千磨受苦煎；此志化龙知有日，峥嵘头角上青天。朱棣看其内容，分明有自己成为真龙天子之意，但谋权篡位，乃大逆不道灭族之大罪，不禁心惊肉跳，犹豫再三，朱棣在信疑参半之中，口中念念有词而再拜，这次得签第三十八笺，名为“红日当天”，仍是大吉之签，其“圣意”云：红日当天照四方，无幽不烛遍余光；君子进身须显达，荣华富贵又安康。“谋望”云：天理人心两不违，自然合道脱昏迷；太平更感神明佑，南北东西任所为。朱棣见签签道中自己心思，深感神签灵验无比，分明神仙是在点化自己，指点迷津，况且签中更有“不违人心天道”之意，遂再无迟疑，起兵意决，毅然发动了“靖难之变”。
1402年，朱棣顺利夺取皇位成为明成祖之后，特加封玄天上帝为“北极镇天真武玄天上帝”，口称“真武大帝”，并随即派专使赴武当山祭拜，同时命道士纂修《道藏》，极力宣扬真武大帝是明王朝的保护神。此后，明朝历代皇帝把祭祀真武大帝当作制度来奉行。
